Одной из государственных услуг, оказываемых Управлением Россельхознадзора по Красноярскому краю, является выдача фитосанитарной документации на подкарантинную продукцию (подкарантинные материалы, подкарантинные грузы). Фитосанитарные и карантинные сертификаты выдаются на основании Федерального закона от 15.07.2000 № 99-ФЗ «О карантине растений», а также Приказа Министерства сельского хозяйства Российской Федерации от 14.03.2007 № 163 «Об организации работ по выдаче фитосанитарных сертификатов и карантинных сертификатов».

В 2011 году значительно увеличилось количество карантинных сертификатов, выдаваемых должностными лицами Межрайонного отдела Управления Россельхознадзора по Красноярскому краю по Енисейской группе районов. Это связано с тем, что в городе Лесосибирске такие крупные предприятия, как ОАО «Лесосибирский ЛДК № 1», ЗАО «Новоенисейский ЛХК», ОАО «Маклаковский ЛДК», перешли на перевозку подкарантинной продукции в контейнерах железнодорожным транспортом.

Несмотря на значительное увеличение нагрузки по выдаче разрешительной документации на специалистов Управления, простоев железнодорожного транспорта по вине Управления нет. Фитосанитарная документация выдается в установленные законодательством сроки.