С 2003 года функционирует краевая межведомственная комиссия по организации охраны лесного фонда  от незаконных действий. В состав комиссии включены представители Управления Россельхознадзора, Правительства и Законодательного собрания Красноярского края, Агентства лесной отрасли Красноярского края, Красноярской таможни, Главного управления внутренних дел, прокуратуры и других ведомств.

В рамках постоянно действующей рабочей группы инспекторами Управления проводятся совместные проверки мест отгрузки и хранения лесопродукции. Всего на территории края в 2010 году проверено 62 железнодорожных тупика.

Основными выявленными нарушениями в поднадзорной сфере стали несоблюдение правил хранения лесопродукции на местах отгрузки, а также непроведение систематических фитосанитарных обследований подкарантинных объектов.

По выявленным фактам составлено 57 протоколов об административных правонарушениях:

- по ст. 10.1 КоАП Российской Федерации «Нарушение правил борьбы с карантинными, особо опасными и опасными вредителями растений, возбудителями болезней растений, растениями-сорняками»;

- по ст. 10.3 КоАП Российской Федерации «Нарушение правил производства, заготовки, перевозки, хранения, переработки, использования и реализации подкарантинной продукции (подкарантинного материала, подкарантинного груза)».

Работа по пресечению нарушений действующего законодательства в лесопромышленном комплексе продолжается. На I полугодие 2011 года запланированы проверки мест отгрузки, хранения лесопродукции на 6 железнодорожных станциях.